Monitoring to proces systematycznego zbierania, raportowania i interpretacji danych opisujących postęp i efekty programu (monitoring rzeczowy i finansowy) przy pomocy odpowiednich wskaźników; spełnia m.in. rolę systemu wczesnego ostrzegania o ewentualnych nieprawidłowościach. Biorą w nim udział wszystkie podmioty zaangażowane we wdrażanie programu. Przedmiotem monitoringu są przedsięwzięcia realizowane na poziomach projektu, działania i programu finansowanego z EFRR oraz EFS.

• aktualny stan i przebieg realizacji projektu/działania/programu, z wyszczególnieniem najważniejszych zadań, które faktycznie zostały zrealizowane w okresie do którego odnosi się sprawozdanie, a także zadania niezrealizowane oraz planowane na następnym okres sprawozdawczym,
• postęp realizacji planu rzeczowego projektu/działania/programu mierzonego wskaźnikami ustalonymi w Uzupełnieniu Programu i umowie dofinansowania,
• finansowe wdrażanie pomocy z uwzględnieniem całkowitych wydatków faktycznych poniesionych w okresie objętym sprawozdaniem na poziomie działania,
• informację o działaniach podjętych w celu zagwarantowania zgodności realizowanego projektu/działania/programu z politykami wspólnotowymi (udzielanie zamówień publicznych, polityka ochrony środowiska, polityka równości szans, polityka społeczeństwa informacyjnego, pomoc publiczna),
• dane o inicjatywach promujących interwencję danego funduszu strukturalnego w ramach wdrażania określonego projektu/działania/programu;
• informacje o skuteczności stosowanych instrumentów realizacyjnych (ocena).

Najważniejszym instrumentem monitorowania są wskaźniki.

• wskaźnik produktu - mierzący rzeczowe efekty działalności. Liczony w jednostkach materialnych np. długość nowo wybudowanych dróg, liczba budynków poddanych renowacji, ilość firm które otrzymały pomoc.
• wskaźnik rezultatu - mierzący bezpośredni i natychmiastowy efekt wynikający z wdrożenia programu. Może przybierać formę wskaźnika materialnego (skrócenie czasu podróży, liczba wypadków drogowych itp.) lub finansowego ( zmniejszenie nakładów na bieżące remonty nawierzchni itp.).
• wskaźnik oddziaływania - unaocznia konsekwencje danego programu wykraczające poza natychmiastowe efekty dla bezpośrednich beneficjentów np. liczba miejsc pracy powstałych po realizacji projektu.

Obowiązek sprawozdawczości wynika z regulacji zawartych w Rozporządzeniu Rady 1260/99 z dnia 21 czerwca 1999 roku, w art.34; zgodnie z nimi proces monitorowania pomocy z funduszy europejskich jest istotną częścią zarządzania tą pomocą. Proces ten ma znaleźć swoje ukoronowanie w przygotowaniu i, po zatwierdzeniu przez Komitet Monitorujący, przekazaniu Komisji rocznego sprawozdania na temat wdrażania.

Beneficjent/Projektodawca, Instytucja Wdrażająca, Instytucja Pośrednicząca oraz Instytucja Zarządzająca zobowiązani są do przygotowywania sprawozdań na podstawie aktualnie obowiązujących wzorów sprawozdań.  Wzory sprawozdań oraz instrukcje wypełniania sprawozdań zamieszczone są na stronie internetowej ZPORR.

• Wzory sprawozdań oraz instrukcje wypełniania sprawozdań
• Aktualna lista wskaźników monitoringowych
• Tabela informacyjna projektów, które generują zarówno znaczący jak i nieznaczący zysk netto po zakończeniu realizacji projektu
• Tabela informacyjna projektów, które generują zarówno znaczący jak i nieznaczący zysk netto po zakończeniu realizacji projektu